En 1865 había sido elegido Gran Maestro Ramón Mª Calatrava (1865-1876); después de muerto éste le sucedió el Marqués de Seoane (1876-1887); y también tras la muerte de Seoane, José María Pantoja (1887-1896). Incólume en sus principios defendió siempre la neutralidad política y religiosa, aun a costa de perder logias que de su seno pasaron al de otras obediencias. A pesar de estas pérdidas se mantuvo sin escisiones internas logrando la adhesión, en 1873 de un grupo de logias procedentes del Gran Oriente Ibero entre cuyos miembros se encontraba Eduardo Caballero de Puga. El 31 de enero de 1887 moría Juan Antonio Seoane y poco después se originaba la primera gran escisión en el seno del Gran Oriente Nacional de España.
